Bernd Lapatki erlangte im Dezember 1994 an der Universität Freiburg das Staatsexamen im Fach Zahnmedizin. Anschließend erfolgten eine allgemeinzahnärztliche Assistenzzeit sowie die Weiterbildung zum Fachzahnarzt für Kieferorthopädie am Universitätsklinikum Freiburg. In 1998 promovierte er zum Dr. med. dent. mit einer experimentelle Studien zur dentalen Belastung beim Blasinstrumentenspiel. In 2007 schloss er seine Habilitation über die Pathogenese und Behandlungsstabilität des Deckbisses ab. Initiiert durch einen einjährigen Forschungsaufenthalt in den Niederlanden folgte in 2010 ein Ph.D. im Fach Neurophysiologie an der Universiteit Nijmegen (NL) mit einer Arbeit zur Charakterisierung der Gesichtsmuskulatur auf Ebene der motorischen Einheiten.
Seit Oktober 2009 ist Bernd Lapatki als W3-Professor für Kieferorthopädie und Ärztlicher Direktor der Klinik für Kieferorthopädie und Orthodontie an der Universität Ulm tätig. Im Dezember 2014 erhielt er von der Vrije Universiteit Amsterdam (NL) einen Ruf auf die Professur für Kieferorthopädie am Akademischen Zentrum für Zahnmedizin Amsterdam (ACTA).
Von 2013 bis 2019 vertrat Bernd Lapatki als Geschäftsführenden Direktor das Zentrum für Zahn-, Mund- und Kieferheilkunde am Universitätsklinikum Ulm, und seit 2019 ist er als Studiendekan für die Koordination der Lehre im Fach Zahnmedizin an der Universität Ulm verantwortlich.